В общем, сняв память, проделав те же самые операции, но с новым Jtagplus (до этого прописывал старым), все заработало, пришлось правда прошить потом сразу CM2, прелоадер не понадобился. Пока не понял почему так.
P.S. И все-таки, кто-нибудь сможет подсказать почему в новой версии софта убрали...